Buscando la forma de automatizar procesos, sobre todo en el collect o empaquetado de archivos enlazados evitando recurrir a: comprar una licencia de suscripción (ya que no está en cualquier versión) de Adobe o soluciones de terceros (como Scoop, Art Files, o el «legendario» FlightCheck)
La solución (aparente) es usar scripting. Una búsqueda rápida con illustrator CS6 scripting collect links me arrojó estos resultados:
Material de Lectura
Manual de Scripting oficial de Adobe en PDF
Un interesante artículo acerca de esta función de collect «tan esperada» y de si Illustrator debería usarse como herramienta de maquetado, y al final sobre si hay que entrar en el juego de la licencia de suscripción sólo para acceder a funciones «exclusivas» que deberían estar desde hace tiempo y las largan con cuentagotas.