Luego de probar para hacer collect de archivos enlazados en un archivo illustrator encontré que este script funciona WR-collect (casi) a la perfección.
Recolecta todos los archivos, aunque tiene problemas con reenlazar algunos, pero eso se soluciona al abrir el documento nuevamente y pedir que reenlaze todo a la carpeta LINKS.
No tiene una gran interfaz ni nada, pero hace el trabajo. Gracias Wolfgang Reszel.